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東洋では、薬が医療の中心であったため、「薬師如来」としてあるように医師と薬剤師の区別はなかった。
一方で、西洋では1240年頃フリードリヒ2世によって医師が薬局を持つことを禁止した法令が交付され、これが医薬分業と薬剤師の起源とされている。これは処方と調剤を分離し、自己の暗殺を防止することが目的であったという説が有力である。これは現在においても、医師の過剰処方による患者の薬漬けや処方ミスの防止を目的に世界的に行われている。
日本では1874年に制定した「医制」により「医師たる者は自ら薬をひさぐことを禁ず」とされ、政府がドイツ医学に倣い医薬分業を推進しようと薬局開業には「薬舗主」試験の合格を必要とし、これが日本の薬剤師の原形である。さらに1889年には「薬品営業並薬品取扱規則」(薬律)が制定され、「薬剤師」と呼ばれるようになった。
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